Tiền thân của bệnh viện Từ Dũ là một khu chuyên khoa sản trực thuộc Bệnh viện Lalung Bonnaire (nay là Bệnh viện Chợ Rẫy) ra đời vào năm 1923. Đến năm 1937, thương gia người Hoa là Hui Bon Hoa (tức chú Hoả) đã hiến mảnh đất riêng với diện tích 19.123m2 trên đường Arras cũ (nay là đường Cống Quỳnh, Quận 1, TP. Hồ Chí Minh) để xây bảo sanh viện mang tên Maternité Indochinoise (Bảo sanh viện Đông Dương) do Giáo sư Bác sĩ George Cartoux (người Pháp) làm giám đốc.

Do tình hình chiến tranh, nên khi xây dựng xong, bảo sanh viện bị quân đội Pháp, sau đó là Nhật trưng dụng làm nơi đóng quân. Đến tháng 9 năm 1943, bảo sanh viện mới chính thức hoạt động với khoảng 100 giường bệnh.

Năm 1944, bệnh viện đổi tên thành Việt Nam Bảo sanh viện. Đến năm 1946 được đổi thành Maternité George Béchamps còn dân chúng thường gọi là "Nhà sanh Chú Hỏa". Đến năm 1948, bệnh viện được mang tên của thái hậu triều Nguyễn Từ Dụ, tuy nhiên đọc chệch là Từ Dũ và được đổi tên thành Bảo sanh viện Từ Dũ cho đến 1975.

Về cơ sở vật chất: Vào thời gian đầu hoạt động năm 1943, bảo sanh viện vẫn chưa có cơ sở cận lâm sàng, cho đến 1946 mới đặt được một phòng thí nghiệm vi trùng học. Số lượng giường bệnh cũng tăng dần để phục vụ nhu cầu người dân. Năm 1962, bảo sanh viện có 300 giường, đến năm 1972 là 506 giường.

Đến ngày 8 tháng 4 năm 2004, bệnh viện được đổi tên thành Bệnh viện Từ Dũ với tổng số giường là 1.000 giường.[cần dẫn nguồn]

Ngày nay, Bệnh viện Từ Dũ được biết đến như một bệnh viện đầu ngành về sản phụ khoa của cả nước, đồng thời là trung tâm sản phụ khoa lớn nhất khu vực phía Nam.

Từ năm 1998, được sự phân công của Bộ Y tế, bệnh viện chịu trách nhiệm là đơn vị hỗ trơ chuyên môn, chỉ đạo tuyến cho 32 tỉnh, thành khu vực phía Nam (từ Đà Nẵng đến Cà Mau). Bệnh viện đang từng bước phát triển trở thành trung tâm chuyên sau về sản phụ sơ sinh của cả nước.